След основаването си „Септември“ използва главно базата на своя исторически предшественик – „Спортклуб“ в днешния квартал „Зона Б-5“, както и старите игрища на „Устрем“ (до гара „Захарна фабрика“) и „Победа“ (до I САГБАЛ „Св. София“ в кв. „Разсадника“). Стадион „Спортклуб“ съществува до 2015 г., когато на негово място е построен най-големият спортен комплекс на открито в България от „Спортна София 2000”.
През 1952 – 53 година е построено игрище „Септември“ в кв. Разсадника до днешното 57 СУ, което се използва основно до 1958 г. През май 1958 г., с организирането на голям спортен празник, е открит ст. „Септември“ до жп линията в Красна поляна с капацитет от 25 000 места, който остава официален стадион на клуба близо 40 години.
Поради липсата на поддръжка и запускането му след 2000 година той не може да бъде лицензиран за мачове в професионалния футбол. „Септември“ играе там до влизането си в А група (1998/99), но след това се налага да плаща наем на различни стадиони, сред които „Академик“ и „Васил Левски“.
През 2007 е открито игрище с изкуствена трева на 57-о Спортно училище, собственост на Община София, което „Септември“ започва да използва за провеждането на мачовете си във „В“ група (2007 до 2015 година). То е с официални размери, по стандартите на ФИФА, но не разполага с трибуни за зрители.
След смяната на собствеността в „Септември“ през лятото на 2015 г. започва реновация на старото игрище от 1953 г. Ремонтът на базата е завършен през пролетта на 2016 година, като тя разполага с един голям основен терен, 2 помощни игрища с осветление, трибуни, нова административна сграда и магазин. Там се играят официалните срещи на дублиращия отбор и ДЮШ на „септемврийци“.
От юни 2015 г. представителният отбор на клуба провежда домакинствата си на затревения стадион „Драгалевци“, който през 2016 година е лицензиран от БФС за мачове в професионалния футбол. Стадионът разполага с 1500 седящи места, ВИП зона с ложа и отделен сектор за гости.
През 2017 г., след завръщането на „Септември“ в Първа професионална лига са заявени и намеренията на собствениците да изградят нов 5-хиляден стадион на мястото на запуснатото старото съоръжение в кв. „Красна поляна“. Новият стадион ще следва модела на „Арена Созопол“ и ще може да приема срещи от елитната дивизия, тъй като стадион „Драгалевци“ не покрива изискванията за това ниво.
Тренировъчна база
През юли 2016 година е открита нова тренировъчна база на „Септември“ в с. Герман, предоставяща 2 тревни терена за школата и първия отбор на клуба. Освен за тренировки тя е подходяща и за провеждането на мачове от елитните юношески групи, както и за контролни срещи. Първият мач, изигран там на 30 юли 2016 г., е предсезонната контрола между „Септември“ Сф и „Септември“ (Симитли), завършила с победа 5:0 за домакините.
